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本课程起止时间为:2020-02-16到2020-07-31
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【作业】绪论 人类启动精准医学计划的研究背景是什么?有什么利弊?

1、 问题:人类启动精准医学计划的研究背景是什么?有什么利弊?
评分规则: 【 1、精准医学表示根据每位患者的个体差异来调整疾病的预防和治疗方法,是一种根据患者的不同,进行医疗方法定制的医疗模型。不同于原有的“一刀切”的治疗方法,在这种模式下,精准医学的检查会深入到最微小的分子和基因组信息,医疗人员则会根据患者的这些信息的细微不同来对诊疗手段进行适当的调整和改变。需要注意的是,精准医学并不意味着专门为某一个患者开发一种特殊的药物或治疗设备,而是通过这种方法,根据患者对某种疾病的感染性不同、对某种治疗手段的反应不同等,把不同的患者个体进行分类,区别选择和改变治疗方法。2、优势:更多更好的癌症治疗:NCI负责。通过扩展基于遗传的临床癌症研究,以及探讨癌症生物学的根本性方面建立一个国家“癌症知识网(cancer knowledge network)”(激发科学发现和指导治疗决策),加快有效的、定制的癌症治疗的设计和检测。建立一个志愿者的国家队列研究:NIH负责(与相关机构合作)。发起一个100万以上的志愿者参与的美国人的Patient-powered国家队列研究。志愿者将参与计划设计,并提供包括医疗记录、基因谱、代谢物(化学组成)和体内体表微生物、环境和生活方式数据、患者来源的信息以及个人随身装置和传感器数据等。隐私受严格保护。研究模式创新:患者作为主动参与者和合作伙伴。队列研究将对高水平研究人员高度开放,激发来自多学科的科学家的参与,从而应用他们的创造性思维产生新的视野。ONC将开发协同工作标准和要求,确保患者知情同意下的数据交换。3、弊端:个人基因数据的泄露,在保险,求职时会受到因基因问题而被歧视会有种族优化的问题

【作业】第2章 遗传图绘制 遗传图和物理图绘制的目的是什么?

1、 问题:人类基因组计划中,在长达9年的时间里,多个国家和实验室共同完成了人类基因组遗传图和物理图的绘制,为什么要花这么多的资金和时间来完成这样的工作?
评分规则: 【 因为测序没办法从头测到尾,一次测序只能测400-800bp,而我们的基因组很大,所以需要测序完成之后把这些小片段靶定到基因组的构架上,这个基因组的构架就是物理图和遗传图

【作业】第3章 物理图绘制 第三周第二次课作业

1、 问题:人类基因组计划大规模测序能够开展的前提是什么?试解释原因
评分规则: 【 大规模测序的前提是物理图的绘制完成,并与遗传图对比整合完成。原因是基因测序的测序片段长度大概准确度是600bp,每个测序完成之后小片段的正确整合很重要。所以需要一个准确度很高精密度很高的框架,这个框架就是遗传图和物理图

2、 问题:物理作图和遗传作图的区别是什么?主要技术手段有哪些?
评分规则: 【 1. 遗传作图定义:采用遗传学分析方法将基因或其他DNA顺序标定在染色体上构建连锁图。遗传作图的基本原理:随机的染色体上两个任意基因座越远,它们越容易被染色体断裂所分离。遗传作图的主要方法:杂交实验、 家系分析DNA标记的选择经历了从RFLP-STR-SNP等发展过程2、物理作图: 应用分子生物学技术直接将DNA分子标记、基因或克隆标定在基因组的实际位置。物理图的距离:依作图方法而异,辐射杂种作图的计算单位为厘镭(cR);限制性片段作图与克隆作图的图距单位为碱基对(bp)物理作图的方法 :限制酶作图(Restriction Mapping); 依靠克隆的基因组作图(clone-based mapping); 荧光原位杂交(Fish, Fluorescent in situ     hybridization); 序列标签位点作图 (STS,Sequence taged site)共同之处:确定基因或分子标记在染色体上的排列位置

【作业】第5章 基因组注释 第四周作业

1、 问题:基因组编辑技术CrISPR是这几年非常火爆的新技术,请简要叙述其原理。我国在2018年由贺建奎主导的基因编辑婴儿出生,如果有机会参加这样的实验改变自己的基因,你会参加吗?为什么?
评分规则: 【 CRISPR/Cas9技术的灵感来源于细菌的一种获得性免疫系统。与哺乳动物的二次免疫应答类似,细菌在抵抗病毒或外源质粒入侵时,会产生相应的“记忆”,来抵抗该种外源遗传物质的再次入侵,而这种获得性免疫正是由细菌的CRISPR/Cas系统实现的在细菌的基因组上,存在着串联间隔排列的“重复序列”,这些重复序列相对保守,我们称之为CRISPR序列(Clustered Regularly Interspersed Short Palindromic Repeats—成簇的规律间隔的短回文重复序列)。如图所示,菱形框表示高度可变的间隔序列,正方形表示相对保守的重复序列,病毒或外源质粒上,存在“原间隔序列”,“间隔序列”正是与它们互相对应。“原间隔序列”的选取并不是随机的,这些原间隔序列的两端向外延伸的几个碱基往往都很保守,我们称为PAM(Protospacer adjacent motifs-原间隔序列临近基序)。当病毒或外源质粒DNA首次入侵到细菌体内时,细菌会对外源DNA潜在的PAM序列进行扫描识别,将临近PAM的序列作为候选的“原间隔序列”,将其整合到细菌基因组上CRISPR序列中的两个“重复序列”之间。这就是“间隔序列”产生的过程。当外源质粒或病毒再次入侵宿主菌时,会诱导CRISPR序列的表达。同时,在CRISPR序列附近还有一组保守的蛋白编码基因,称为Cas基因。CRISPR序列的转录产物CRISPRRNA和Cas基因的表达产物等一起合作,通过对PAM序列的识别,以及“间隔序列”与外源DNA的碱基互补配对,来找到外源DNA上的靶序列,并对其切割,降解外源DNA。这也就实现了对病毒或外源质粒再次入侵的免疫应答。

【作业】第7章 基因的转录调控 第五周作业

1、 问题:为什么在动物克隆中不能直接使用体细胞,而是用卵细胞的细胞质和体细胞的细胞核呢?
评分规则: 【 原因是卵细胞细胞质中含有很多体细胞没有的成熟的mRNA结构,这些mRNA的polyA不是很长所以不能翻译,一旦细胞融合之后就会在polyA延长酶作用下延伸,从而在细胞质中形成蛋白质,这些蛋白质会维系受精卵融合过程中的很多工作,如正确的甲基化和去甲基化,基因表达相关的酶等

【作业】第8章 转录物组(上) 第六周作业

1、 问题:试探讨人类基因组大面积转录的生物学意义?
评分规则: 【 根据自己掌握的知识讨论

【作业】第8章 转录物组(下) 第7周作业

1、 问题:长链非编码RNA定义是什么?主要生物学功能有哪些?研究存在的难点是什么?
评分规则: 【 长链非编码RNA定义是什么?20主要生物学功能有哪些?40研究存在的难点是什么?40

【作业】第9章 蛋白质组(下) 第八周作业

1、 问题:蛋白质降解与基因表达调控有何联系
评分规则: 【 根据自己所学知识和查资料获得答案

【作业】第12章 基因组进化的机制 第九周作业

1、 问题:生物体内基因的进化方式有哪些?防止基因组的过度进化的改进措施有哪些?所谓道高一尺魔高一丈,试说说你对这种互相掣肘的生存方式的理解。
评分规则: 【 根据讲义内容和自己的理解进行阐述

【作业】第13章 基因组进化的模式 第十周作业

1、 问题:内含子如何能插入到完整而连续编码的基因序列中而对其功能丝毫无损?
评分规则: 【 根据对基因组和分子生物学的学习,试思考

【作业】第10章 基因组表观遗传(上) 第十一周作业

1、 问题:怎么从表观遗传学角度理解“所有的克隆动物都是缺陷个体”这句话
评分规则: 【 表观遗传学的概念在PPT里面有,因为甲基化编程的错误

【作业】第10章 基因组表观遗传(下) 第十二周作业

1、 问题:试了解利用表观遗传学原理治疗癌症的一种药物并说明机理
评分规则: 【 从表观遗传角度思考问题

第14章 基因组与生物进化 基因组学第一部分测试题

1、 问题:关于假基因的表述,不正确的是
选项:
A:产生反义RNA
B:在RNA水平与功能基因的mRNA竞争
C:在DNA水平与功能基因竞争转录因子
D:假基因完全失去转录活性
答案: 【假基因完全失去转录活性

2、 问题:下列不属于第二代DNA测序的特点是:
选项:
A:连续测序
B:测序读长长
C:自动化测序
D:高通量测序
答案: 【测序读长长

3、 问题:下面的分子标记中,哪一类多态性频率最高:
选项:
A:SSR
B:RFLP
C:RAPD
D:SNP
答案: 【SNP

4、 问题:蛋白质序列的一致性是指
选项:
A:含有相同氨基酸的数量
B:同一位置同一氨基酸的百分比
C:可代换氨基酸的百分比
D:亲水性氨基酸的百分比
答案: 【同一位置同一氨基酸的百分比

5、 问题:基因组测序的顺序间隙是指
选项:
A:克隆时丟失的顺序
B:未能测序到的克隆顺序
C:不能克隆的顺序
D:错误拼接的顺序
答案: 【未能测序到的克隆顺序

6、 问题:密码子偏爱是指兼并密码子的比例不同
选项:
A:正确
B:错误

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